一般情况下，具有硕士学位者以及被认定具有同等以上学力，并有18年以上的学历者均可直接进入博士的三年后期课程。但是，日本大学的医学、牙科及兽医学的本科课程学制为六年，也不设有硕士课程，因此大学毕业后可直接报考博士课程，但必须具备18年以上的学历，并且若不修完大学的6年课程，将不具备参加国家（资格）考试的资格。对于其他国家的硕士毕业（医学专业本科毕业）未满18年学历的须在大学院进行研究一年，然后再参加入学考试，攻读四年博士课程。
在大学院在学五年以上，修满30个以上的学分，并且在接受研究指导的基础上，通过该研究生院的博士论文审查及考试。对于取得优异成绩或研究成果者，在学年限可减至三年以上。对于硕士课程已修了者，要求在学为三年。
设有研究生院的大学，对该院博士课程修了，毕业考试合格并学位论文审查通过的毕业生可授予博士学位。博士生即使实际并不在学，根据该大学的有关规定，通过博士论文审查，并具有博士课程修了者同等以上的学力，亦可授予博士学位。通常称前者为课程博士，称后者为论文博士。
